ウェブサイトの動作確認テストを行っていたところ、
「このwebサイトから自動的に電話をかけることは禁止されています。」
という表示が出ました。

初めて遭遇したので調べてみると、

iOS10.1以降のSafariでは、1つのページで電話番号リンクを3回以上クリックすると
「このWebサイトから自動的に電話をかけることは禁止されています。」
というダイアログが出るようになっています。

とのこと。

そういう仕様なんですね。
じゃあ、しょうがない。

そのまま「通話を許可」を押せば、
電話はかけられるようです。